卓玛拉康殿，也叫度母殿。从建筑年代看是古格王朝中修建比较晚的殿堂。佛殿有四根木柱，为平顶式藏式建筑。殿内面积大约有40多平米。殿内的矩形木框内刻有梵文“十大自在相”字母组合图案，即《时轮经》所说的命自在、心自在、资具自在、业自在、解自在、受生自在、愿自在、神力自在、智自在、法自在。佛殿内的塑像已毁，只有残留造像。

      殿内绘有壁画，但漫漶不清。壁画最上层绘制有二方连续兽衔装饰图案；第二层是壁画的主体部分，绘制有大型的佛、菩萨、护法、金刚像等；第三层是以连环画的形式绘制的佛传故事画和僧众闻法修行图；第四层是壁画的最下层，绘制有菱形、海螺等装饰图案。佛殿后壁绘有5铺大像，即释迦牟尼佛和两大弟子迦叶、阿难，两侧绘制有格鲁派创始人宗喀巴大师和他的两大弟子甲曹杰和克珠杰，阿底峡大师和他的两大弟子，东西另绘有各一佛二菩萨壁画。右壁绘制有六尊大型造像，分别是三尊佛像和密集金刚、大译师仁钦桑布、西饶维色尊者等。佛殿门内两侧分别绘制马头明王和阎摩护法。

      虽然该殿称为度母殿，但是在壁画和造像中并没有发现度母类的造像。整个佛殿的佛像布局依照传统定制，严格有序，如三世佛（过去、现在、将来）、三身佛（法身、应身、报身）、五方佛（东、西、南、北、中）以及护法金刚和高僧大德。

       佛殿后方壁画绘制释迦牟尼佛“十二善业”，两侧四尊大像下面绘有高僧小像，如噶举派祖师米拉日巴尊者、尼玛扎巴译师、宁译师、热译师、大译师等像。佛殿东西两壁的第三层以连环画的形式分别绘有佛传故事，但大多壁画剥落漫漶，仅有部分壁画还能看清。东壁绘有白象入胎、蓝毗尼降生、天龙浴太子、哺乳、修习、婚配赛艺、出四门、夜半逾城、削发剃度、苦行等内容；西壁绘有觉悟成道、初转法轮、涅槃、荼毗、分舍利、建八塔等内容。每个画面独立成幅，却又互相联系，形成巨幅画卷，但在艺术性和表现技法上稍逊于古格早期同类题材的壁画。

      大威德殿，也叫护法神殿。大威德是藏传佛教各个教派，尤其是格鲁派主供观修的本尊。该殿面积很小，有八根柱子，只有12多平米，殿内狭长低矮，是典型的藏式平顶建筑。前厅四壁绘有壁画，但毁坏严重。殿门内侧两边的壁画保存尚完好，如毗沙门天、阎摩罗和下属诸鬼神。此外武士练武图也保存完好。南北两壁的壁画布局整齐，一般是上部绘制三行小像、中间各绘5尊大像，大像之间还竖排两行小像，集中体现了藏传佛教后期壁画繁复庞杂的特点。北面壁画为大型造像，依次是白度母、持颅喜金刚、胜乐金刚、时轮金刚、药师佛；南壁的壁画依次为尊胜佛母、密集金刚、密集柔金刚、密集不动金刚、修行高僧及弟子。西壁两侧分别绘制释迦牟尼佛和二弟子像、格鲁派宗喀巴大师及二弟子像。宗咯巴大师的地位在这里非常明显地被凸显出来，以表达格鲁派僧人心目中对“第二佛陀”的崇敬之心。

      尽管护法神殿充满了威严和狰狞的神秘气氛，但是艺术家们在表达这种狰狞的大威德时，却表现得非常善巧。或许古格人善于吸收域外文化的那种宽容融合的精神，似乎已把密宗艺术中狰狞恐怖的气氛进行消解，而趋于一种自由明快、和谐优雅的崇高感。即便是壁画中驰骋的奔马、疯狂的野牦牛、行进的野驴表现出的雄性美，也因画家们顺手拈来的朵朵花卉，而被点缀得和谐统一，使画面和人物有了一种刚柔相济、动静合一的审美韵味，这不能不说是古格艺术家们追求的一种美学趣味。古格艺术家们没有把自己的艺术想象力和美学趣味束缚在《造像量度经》的程式当中，而使想像力得到了充分的发挥和张扬。这正是古格壁画在美学趣味和艺术形式上区别于其它地区藏传佛教壁画的最鲜明特征。

      在藏传佛教寺院艺术中，我们恐怕很难找到比古格寺院的装饰图案更为丰富多彩的了。古格装饰图案种类之多、数量之大、造型之美，在整个藏区寺院中都十分罕见。据有关资料统计，古格的装饰图案约上千种，题材极为广泛。常见的有动物图案、卷草图案、几何图案、花卉图案、字符图案等五大类。据考古学者们统计，古格壁画图案和天花板彩绘图案就多达620余种，足与世界上任何一个古代建筑的装饰图案相媲美。即便是在我国装饰图案最为丰富的敦煌石窟中，也很难找到同一窟中数百种风格各异的图案来，这不能不说是古格佛教艺术的一大奇迹。

      古格装饰图案绘制的十分精细优美，尤以红殿、白殿、坛城殿的壁画图案和天花板彩绘图案最具代表性。它以佛菩萨护法像、人物、飞天、珍禽、瑞兽、吉祥物、法器等为内容，并以几何图案和各种忍冬卷草花纹组成了多彩的图案造型，用以装饰寺院内部的壁画和屋顶，尤其突出了藻井图案在整个寺院内部装饰中的重要性。例如红殿东壁的“轮王七宝”装饰造型生动优美，“八吉祥”装饰则简洁明快。而这些装饰图案都是为了衬托壁画主体佛菩萨像而精心设计和布局构图的，它们上下呼应、前后关联，使得局部装饰与整体壁画达到了自然协调、浑然一体的艺术效果与审美情调。又如红殿南壁的卷草纹图案更是别具一格，菩萨、天女、狮、象、古格王妃等共绘在装饰图之中，清雅素丽的色彩，别具一格的构图，生动流畅的线条，无不给人以佛国净土清净美妙之感，从而唤起人们礼佛、敬佛的虔诚之心和对佛国世界的无限向往。

      特别值得一提的是古格红殿，以忍冬花卉和单颈荷花根茎组成的连续旋转的花卉菩萨装饰造型，构图巧妙，别具风格。但是这一装饰主题并非源于西藏本土，而是来自古代中亚、西亚的传统装饰。据说这类花卉装饰风格最早出现在拜占廷的建筑和器皿上，后来这种图案通过中亚民族于佛教兴起后传播到了喜马拉雅地区的藏文化当中。

      其实从青藏高原与中西亚民族的文化交往来看，远在吐蕃之前，在阿里就已形成了一条通往中亚以至西亚的文化贸易商道，即阿里古格——克什米尔——于阗——斯瓦特——巴基斯坦——犍陀罗——阿富汗——萨珊——拜占廷——叙利亚——罗马的贸易文化商道。这条古老的商道也被学者们称为“麝香之路”，近年来的西藏考古也进一步证实了这条文化商道在沟通喜马拉雅雪域文明与中亚、西亚文明中起到的重要作用。